資料來源:財政部高雄國稅局
營利事業取自與我國簽訂租稅協定國之來源所得，可依所得稅協定向他方締約國申請減免所得稅，如因未申請適用協定而溢繳國外稅額，不得申報扣抵我國應納稅額。
財政部高雄國稅局表示，所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。其境外所得已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，可於限額內自全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。同法第124條規定，凡中華民國與其他國家所簽訂之所得稅協定中，另有特別規定者，依其規定。故營利事業如取得源自租稅協定國來源所得，依所得稅協定規定屬他方締約國免予課稅或訂有上限稅率之所得，應優先向他方締約國申請適用所得稅協定減免稅額，如營利事業未申請適用所得稅協定，致溢繳國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，該溢繳之稅額，不得申報扣抵我國應納營利事業所得稅。
該局舉例說明，我國甲公司111年度營利事業所得稅列報取自越南A公司之服務收入新臺幣（下同）500萬元，並將其於越南繳納之所得稅額100萬元列報境外所得稅額扣抵。惟我國與越南已簽署「駐越南臺北經濟文化辦事處與駐臺北越南經濟文化辦事處避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定」，依該協定第7條第1項營業利潤之規定，一方締約國之企業，除經由其於他方締約國境內之固定營業場所從事營業外，其利潤僅由該一方締約國課稅。甲公司於越南無固定營業場所，其取自越南A公司之服務收入，屬前揭協定營業利潤範疇，依協定規定，該所得僅由我國課徵所得稅，越南免予課稅。甲公司未向越南稅務機關申請適用租稅協定，溢繳越南稅額，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，不得申報扣抵甲公司應納營利事業所得稅，其列報之扣抵稅額100萬元，遭該局全數剔除並補稅。